いろいろ試したのですが、現状PubSubHubbubによるリアルタイム更新通知と、FeedBurnerによるフィード加工と、FeedSmithによるフィード転送の3つの機能を並存させるのは困難のようです。PubSubHubbubはフィードのURLで更新を認識しますが、FeedSmithを使うとフィードが転送されてFeedBurnerのフィードのURLに置き換わってしまうため、せっかくFeedBurnerがPubSubHubbubに対応しても、購読者が設定したフィードURLと通知の来るURLが異なることになってしまい、通知が成立しません。
いろいろいじっているうちに、Twitterへの通知機能(WordTwit)が動かなくなったりしていて、WordPress上でPubSubHubbubのプラグインとTwitterのプラグインの食い合わせが悪いような挙動も見せ始めていますので、この件はいったん撤退しようかと。
今度やるときは実験環境を作ってこのブログとは別に試したいと思います。ブログ汚し失礼いたしました。